Vakıf Yönetim Kuruluna bağlı olarak kurulan Vakıf Genel Müdürlüğü,Vakıf merkezinde hizmet görür.
Genel Müdürlük,Vakıf Senedinde belirtilen amaçlar için,Vakıf Senedindeki faaliyet alanlarını etkin olarak yürütecek şekilde; Genel Müdürün yazılı yol haritası sunumu,Vakıf Yönetim Kurulu kararı onayı ile işlerlik kazanır.
Vakıf,genişleme stratejisi kapsamında, Yönetim Kurulu kararı ile yurt içinde ve yurt dışında,Vakıf tüzel kişiliği altında,şubeler ve temsilcilikler açar.Şubeler kendi organlarına sahip,tüzel kişiliği olmayanVakıf birimleridir.Temsilcilklerin ise tüzel kişilkleri ve organları bulunmaz.Şubeler ve temsilcilkler Vakıf Yönetim Kuruluna bağlı olarak ve Genel Müdürlük kanalıyla hizmet yaparlar.Vakıf ayrıca yabancı vakıfların temsilciliğini de üstlenebilir,İişbirliği yapabilir ve üst kuruluşlara katılabilir.Genel Müdürlük bu alanlarda koordinatör konumunu üstlenir.
Genel Müdürlük Örgütlenmesinde Aşağıda Listelenen Alanlarda Hizmet Yapılanmasına Önem Verilir:
Her alan için orta vadeli güncel iş planları ve raporlama sistemi oluşturulur.
1. Eğitim,
2. Her düzeyde beceri kazandırma,
3. Aktif Emeklilik Açılımı,Engelsiz Yaşam Programı ve Çevre,
4. İktisadi açılımlar,
5. Spor ve teknoloji ağırlıklı Öğrenci Destek Programı,
6. Üniversite,
7. BJK ve Kabataş Erkek Lisesi için Destekler.
Genel Müdürlüğün Vakıf Mütevelli ve Vakıf Yönetim Kurulu ile hizmet eşgüdümü Vakıf Genel Sekreteri aracılığı ile yürütülür. Genel Müdürlük eylemleri ve sonuçları Genel Sekretere raporla yükümlüdür.
Genel Müdürlük;
a. Örgütlenme,Muhasebe,Bağışlar,İşletmeler Koordinatörlüğü,
b. Yurtdışı açılımlar Koordinatörlüğü,
c. Akademik Koordinatörlük,
d. İdari İşler.
Bölümleri yapılanması ile hizmet görür.